污染控制与资源化研究国家重点实验室

国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术中心

教育部水处理与水环境修复工程中心

江苏省有机毒物控制与资源化工程技术研究中心

江苏省农村环境保护与生态修复工程中心

南京大学-江苏省环保厅环境管理与政策研究中心

南京大学环境科学研究所

南京大学（无锡）环境技术研究院

南京大学水科学研究中心

南京大学湖沼研究中心

南京大学生态风险及环境健康研究所

南京大学-宜兴环保科技研发中心

中芬环境研究中心（筹）